تذكر المصادر التاريخية أن موقع هذا المسجد من المواقع التي صلى فيها النبي -صلى الله عليه وسلم- في ميدان المصلّى، وأنه سُمي مسجد علي، لأن علي بن أبي طالب -رضي الله عنه- صلى عيد الأضحى بالناس في موضعه في خلافة عثمان بن عفان -رضي الله عنه- سنة 35هـ، ويُرجح أنه بُني في عصر الدولة الأموية، أثناءَ ولاية عمر بن عبد العزيز للمدينة المنورة (87-93هـ)، ثم تهدم واندثر فجدده أمير المدينة زين الدين المنصوري سنة 881هـ، ويعود البناء الحالي للمسجد لعهد خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز آل سعود حيث تم إعادة بنائه وتوسعته سنة 1411هـ، كما تم ترميمه وصيانته عام 1434هـ في عهد خادم الحرمين الشريفين الملك عبد الله بن عبد العزيز. وأجريت له أعمال صيانة في عهد خادم الحرمين الشريفين الملك سلمان بن عبد العزيز ضمن مشروع العناية بالمساجد والمواقع التاريخية في المدينة المنورة.

من صلاة النبي إلى صلاة علي رضي الله عنه:

مسجد أقيم في أحد مصليات العيد النبوية في منطقة المناخة التي اتخذها النبي ﷺ مصلى للعيد والاستسقاء، صلى فيه علي بن أبي طالب رضي الله عنه العيد أثناء خلافته فسمي المسجد بعد ذلك باسمه.

مصلى علي للعيد:

اتخذ النبي ﷺ منطقة المناخة لصلاة العيدين والاستسقاء، وصلى في مواضع عدة منها، ولما ولي الخلافة علي رضي الله عنه اتخذ لصلاة العيدين موضعًا من تلك المواضع التي صلى فيها النبي ﷺ صلاة العيد في نفس منطقة المناخة، ثم بُني عليه مسجد سمي باسمه.

ويقع هذا المسجد شمال مسجد الغمامة، ويبعد عن مبنى التوسعة السعودية الثانية للمسجد النبوي (290م)، ويقع بجواره مسجد أبي بكر الصديق رضي الله عنه، ويبعد عنه 100 متر تقريبًا.

المسجد منذ بنائه وحتى اهتمام المملكة به:

أول من بنى هذا المسجد هو عمر بن عبد العزيز رحمه الله حين كان واليًا على المدينة في الفترة 87 - 93 هـ، وتتبع فيها المصليات النبوية فبناها لتحفظ قبل أن تنسى، وحظي المسجد بعناية واهتمام ولاة المدينة على مر العصور، وخضع لكثير من الإصلاحات والترميم، وقد كان لملوك الدولة السعودية الدور الكبير والرائد في العناية والرعاية به، ولاقى المسجد في عهد الملك سلمان بن عبدالعزيز مزيدًا من الرعاية والعناية والاهتمام من خلال إدراجه ضمن مشروع تطوير وتأهيل المواقع التاريخية الإسلامية.

الفنُّ المعماري للمسجد:

من الملاحظ لزوار المدينة المنورة أن المساجد التاريخية الثلاثة في ميدان المناخة مبنية بتصميم واحد، ومسجد علي بن أبي طالب رضي الله عنه مستطيل الشكل، طوله من الشرق إلى الغرب 31 مترًا وعرضه 22 مترًا، يتكون من رواق واحد مسقوف بسبعة قباب أعلاها قبة المحراب، وينفتح من الجهة الشمالية على صحن مستطيل مكشوف، ومنارة المسجدتقع في الجهة الشرقية.